En sus orígenes en el Cementerio se dividió en diferentes zonas de enterramientos: fosas y nichos de adulto, infantes, beneficencia y una zona de cementerio civil.

La aprobación de la Constitución española y los diferentes tratados entre el Estado español y las confesiones religiosas unido al incremento de la población empadronada de religión musulmana, motiva la decisión de la Corporación de construir un Cementerio musulmán.

Es en 1996 cuando se encarga el proyecto de construcción del Cementerio municipal Al Maqbara, que previamente había sido presentado a los representantes de las comunidades islámicas para su asesoría y aceptación a efectos de realizar los ritos tal y como se establece en la confesión religiosa. El primero enterramiento se realiza el 27 de abril de 1998.

Igualmente y para dotarla de entidad jurídica se modifica la Ordenanza del Cementerio municipal, indicándose en el Título X, art. 65, la disposición de su uso.

Al Maqbara con una superficie inicial de 600 m2 se construye en torno a una pequeña mezquita para la oración y una sala de lavado para preparar el cadáver, contando con 108 fosas excavadas directamente en tierra y orientadas a la Meca. Desde entonces el Cementerio musulmán ha sido ampliado y está previsto un tercer proyecto que permitirá disponer de 1313 m2, que garantizarán las inhumaciones de esa religión en la ciudad de Murcia.